Južnu Amerika, 18. stoljeće. Dvije velike kolonijalne sile Španjolska i Portugal, natječu se za premoć nad domorocima. Njihova imperijalistička narav vidi mogućnost trgovine robljem i prirodnim bogatstvima Indijanaca, a s druge strane misionari jezuiti žele uspostaviti svoju religiju i kulturu. Mendoza (R. De Niro), u sebi nosi ideju osvajača, a kad zbog voljene žene ubije svoga mlađeg brata Felipea odlazi u misiju gdje ga prima otac Gabriel (J. Irons) da svojim služenjem u misiji iskupi svoje grijehe i okaje svoj zločin. S vremenom Mendoza uviđa ljepotu načina života Indijanaca, prihvaća ih, a uskoro postaje i borac za njihova prava. Misionari sanjaju o društvu u kojem će pokršteni domoroci živjeti u slozi sa Španjolcima i Portugalcima, ali kolonijalni vođe ovu mogućnost smatraju opasnom te se zauzimaju za potčinjavanje domorodaca i žele uništiti misiju...