Kapetan Willard (Martin Sheen), marinac duboko potresen užasima rata, poslan je u naizgled nemoguću misiju od strane američke vojske. Mora pronaći i svrgnuti s vlasti zloglasnog bivšeg velikog poručnika Waltera E. Kurtza (Marlon Brando) koji, na čelu plemena domorodaca upravlja djelom džungle u neutralnoj Kambodži. Što duže traje njegovo putovanje, njegova postrojba sve je više obuzeta što drogom, što samom džunglom koja tjera strah u kosti. Jedan po jedan, njegovi vojnici bivaju ubijeni dok Willard polako shvaća da je poslan na put u samo srce tame. Apocalypse Now: Final Cut, koju Coppola smatra najboljom verzijom, nekih je 35 minuta dulja od izvorne i oko dvadeset kraća od Redux verzije iz 2001., što znači da je traje nešto više od puna tri sata.