Hellboya (Ron Perlman) je na planet Zemlju doveo zli genijalac Rasputin (Karel Roden) kako bi upravo on pomogao nacistima u njihovu ubilačkom pohodu. Međutim od njegove zle sudbine spasio ga je profesor Broom (John Hurt), osnivač Tajne agencije za paranormalne pojave koji ga je odgojio i razvio njegove izvanredne paranormalne talente. Unatoč mračnom porijeklu, Hellboy postaje borac na strani dobra, boreći se protiv zlih sila koje prijete svijetu, zajedno s humanoidom (Doug Jones) i agenticom pirokinetičkih sposobnosti (Selma Blair). Skriveni su od društva i zaduženi za zaštitu od Rasputina koji želi oteti Hellboya te ga odvesti na mračnu stranu i iskoristiti njegove moći kako bi izazvao Armagedon.