Scooby-Doo i ostali sretni su što su napokon riješili sve misterije i tajne i što napokon idu na zasluženi odmor. Da stvar bude ljepša, Freddieju je rođendan i njegovi roditelji njega i njegove prijatelje časte krstarenjem. Na velikom kruzeru ima bazena, sportova, zabave i, što je Scoobyju najvažnije, dobre hrane. No, ono što tek naknadno otkrivaju i što ih baš neće oduševiti, jest da to nije obično nego - misteriozno krstarenje, pa od odmora, po svoj prilici neće biti ništa. Gosti na brodu imat će iluziju da plove u Bermudski trokut, a za vrijeme večere zabavljat će ih magičar Mysterio. No, počinje se događati nešto vrlo čudno, strašno i opasno - sustiže ih brod gusara duhova. Putovanje prestaje biti igra, a hrabri prijatelji imat će jedan od najvećih zadataka u životu: osloboditi se gusara i napokon riješiti tajnu Bermudskog trokuta... Zanimljivo je spomenuti da glas Shaggyju od prvog filma do sada daje isti glumac, Casey Kasem. Glasovi: Frank Welker (Scooby-Doo/ Fred), Casey Kasem (Shaggy), Mindy Cohn (Velma), Grey DeLisle (Daphne), Dan Castellaneta (Mysterio), kapetan Crothers (Arsenio Hall).