Oni su djeca atomskog doba, homo superior, naredna karika u evolucijskom lancu. Svaki od njih roðen je s jedinstvenom genetskom mutacijom koja se u plubertetu manifestira nevjerojatnim moćima: Cyclopsove (James Marsden) oči isijavaju razornu energetskuzraku, snaga Jean Grey (Janssen) je u telekinezi i telepatiji, a Storm (Halle Berry) može maniplulirati svim oblicima atmosferskog vremena. Ali za obične ljude oni predstavljajuznanstvene neobičnosti - monstrume prirode - izopčenike koje preziru i boje ih se. Njihov glavni protivnik je Senator Robert Kelly (Bruce Davison), mccarthyjevski političar koji nglašava opasnosti od mutanata. Mutanti ipak uspijevaju opstati zahvaljujući tutorstvu profesora Charlesa Xaviera (Stewart) u svijetu najmoćnijeg telepata. Uz njegovu pomoć oni uče kontrolirati ikoristiti svojemoći zadobrobit čovječanstva, postajući - X-Men. Xavier dobrodošlicom dočekuje i dvoje novopridošlica: usamljeničkog borbenog stroja koji posjeduje iscjeljiteljske moći Logana/Wolverinea (Jackman), oboružanog čeličnim pandžama životinjskom temperamentnom, kao i Rogue (Paquin), ustrašenu teenagerku koja ima sposobnost upijanja moćii sjećanja onoga koga dodirne. Dok se Wolverine i Rogue prilagođavaju životu među svojom vrstom , Xavier se sa svojim pitomcima upušta ufizičku i filozofsku bitku sa svojim bivšim kolegom i prijateljem Erikom Lehnsherrom, a k. a. Magnetom (McKellen). Jedan od najmoćnijih mutanata uopće, Magneto je ljudsko drućtvu potpuno okrenuo leđa vjerujući da ljudi imutanti ne mogu živjeti zajedno. On i njegovo zlo društvo, okupljeno pod imenom Bratstvo - ogromni Sabretooth (Tyler Mane), metamorf Mystique (Rebecca Romijn-Stamos) kratkovidni skakač Toad (Ray Park) - ne prezaju ni pred čim kako bi osigurali opstanak mutanata na račun istrebljenja ljudi... Nakon što jednom poražena, Storm ponovno uđe u borbu, Toad se požali "Zar vi ljudi nikada ne umirete?" Riječ je o internoj šali za fanove stripa koji znaju da su gotovo svi njegovi likovi "umirali" barem jednom i onda se ponovno vraćali.