Dvije godine nakon što je pomogao Willyju (Keiko) da pobjegne iz zatočeništva, Jesse (Jason James Richter) živi sa svojim udomiteljima, obitelji Greenwood. U Jessejev život ulazi njegov polubrat Elvis (Francis Capra), kojemu je Jesse ostao jedini rod nakon smrti njihove majke. Za praznike obitelj Greenwood kreće na odmor i Jesse ponovo susreće stare prijatelje Randolfa i kita ubojicu Willyja. No, uskoro idilično okupljanje prekida opasnost koja ugrožava živote morskog svijeta, ali i ljudi.
"Moj prijatelj Willy 2" ponovio je uspjeh prvog dijela, ali otišao i korak dalje. Vizualno impresivnija od prvog djela, s neviđenim kadrovima kitova u, ovog puta, njihovom prirodnom okruženju te uzbudljivim akcijskim scenama, priča o prijateljstvu kita i dječaka dobiva novu dimenziju i značaj prizorima ekološke katastrofe te još jednom pokreće temu nemarnosti ljudi i njihovom nebrigom za prirodu