Lyoko se nalazi unutar super – računalan, no u opasnosti je od odbjeglog programa imenom X.A.N.A. koji ima moć uništiti čitav Svijet. Jeremy, Yumi, Ulrich i Odd moraju pomoći humanoidu Aeliti unutar Lyokoa kako bi spriječili zlobni program X.A.N.A. u njegovim planovima da uništi Svijet.