Nakon što je prije nekoliko godina spasio kita Willyja od sigurne smrti, tinejdžer Jesse (J. J. Richter) posvetio se zaštiti najvećih morskih sisavaca.
Na poziv svog starog znanca Randolpha (A. Schellenberg), Jesse postane dio ekipe istraživačkog broda čija je članica i oceanologinja Drew (A. Corley). Iako se njih dvoje u početku neće slagati, povezat će ih zajednička misija spašavanja ugroženih životinja kojima prijete beskrupulozni kitolovci i njihov plan o ilegalnoj prodaji kitovog mesa u Japan i Rusiju.
Istodobno dječak Max (V. Bery) odlazi s ocem Johnom (P. Kilpatrick) u ribolov ni ne sluteći da on već godinama zarađuje loveći kitove. Kada Max upozna Jesseja, između njih će se roditi prijateljstvo koje će za Willyja i ostale životinje biti presudno u trenucima spašavanja jata kitova od njihovih nemilosrdnih lovaca.