Nepokolebljivi junaci stripa još jednom oživljavaju na malim ekranima boreći se sa zlim "Foot" klanom i njihovim vođom Shredderom, koji želi svijet zaraziti opasnim radioaktivnim blatom.
U ovom nastavku Ninja kornjače, Donatello, Michaelangelo, Leonardo i Raphael, koji su ljudske veličine i savršeno poznaju borilačke vještine, sa svojim mentorom Splinterom, kao mudrim golemim štakorom, sele iz kanalizacije u stan svojega saveznika i novinara Aprila. U međuvremenu se Shredder, zli vođa zloglasnog "Foot" klana, za kojega su kornjače mislile da je mrtav, odjednom pojavljuje i ujedinjuje snage koje žude za osvetom. U ovom nastavku kornjače saznaju kako su postale mutirane ninje koje hodaju, pričaju i karateom svladavaju zle i pokvarene. Ali, prije nego otkriju istinu, pretiče ih zli Shredder koji ima svoje planove. Ninje će još jednom morati spašavati svijet.