Serija prati 20-godišnjeg MacGyvera, koji stvara tajnu organizaciju unutar američke vlade, u kojoj upotrebljava svoj iznimni talent za nekonvencionalno rješavanje problema i beskrajne znanstvene spoznaje kako bi spasio živote.
Njegovoj se ekipi na visokorizičnim misijama širom svijeta pridružuju bivši agent CIA-e Jack Dalton i Patricia Thornton, bivša terenska agentica, sada operativna direktorica, te Riley Davis, nepredvidljiva računalna hakerica bijesna na cijeli svijet. Kod kuće, MacGyvera zabavlja njegov ambiciozni cimer, Wilt Bozer.
Pod upravom Odjela za vanjske usluge, MacGyver preuzima odgovornost za spašavanje svijeta, naoružan do zuba snalažljivošću i gotovo samo gumom za žvakanje i spajalicama za papir.