Poslije pet godina bavljenja natprirodnim pojavama i najneobičnijim slučajevima, vlada zatvara Dosijee X. Agenti Fox Mulder (David Duchovny) i Dana Scully (Gillian Anderson) dobiju jednostavnije zadatke – kao što je pronalaženje bombe u jednoj zgradi. Njih dvoje pronađu bombu ali je ne uspiju deaktivirati. Podvrgnuti su istrazi čiji je cilj da u potpunosti uništi njihov odnos. Uprkos tome, Mulder, uz pomoć prijatelja njegovog oca, paranoičnog doktora Alvin Kurtzweil (Martin Landau) dolazi do informacija koje ukazuju na to da je čovječanstvo u velikoj opasnosti. Mulder i Scully riskiraju svoje živote kako bi pronašli smrtnonsni virus izvanzemaljskog porijekla i spriječili katastrofu koja prijeti uništenju života na našem planetu.