Policijska istražiteljica Melissa O’Neil (Talisa Soto) prati dvojicu zatvorenika, od kojih je jedan Tony Matos (Bruce Ramsay), sa zadatkom da ukopaju mrtve u grobnici Hart Islanda. U isto vrijeme na otok putuje i bogati poduzetnik Rupert King (Malcolm McDowell) sa svojim inženjerom. Cilj mu je ondje izgraditi grad za siromašne.
No već samo postavljanje kamena temeljca kao da pušta s lanca nešto zastrašujuće. Naime, trajekt koji je doveo putnike na otok mora se vratiti u Manhattan, ali nestao je Kingov inženjer i grupa ga ostaje tražiti. Iznenada, priroda podivlja i niotkud se pojavi misteriozan oblak nadnaravnih muha koje napadaju grupu. Nakon što jedan od zatvorenika umre od uboda muhe, ostatak skupine sakrije se u grobni ured.
Muhe ne prestaju napadati i skupina zahvaćena panikom je zarobljena, a jedini preživjeli ostanu Melissa, Tony i King. Počinje njihova borba za život, no mrtve duše više od ičega žele ubiti onog tko ih je prenuo iz vječnog sna i razotkriti vješto skrivane tajne.
Hart Island napušteni je otok New Yorka na kojem je u masovnim grobnicama pokopan velik broj siromašnih, koji si nisu mogli priuštiti pogreb. Dječji lijesovi veličine kutija za cipele i oni odraslih, napravljeni od jeftinih kartona, pokopani su zbijeni jedni na druge. Upravo zbog svoje povijesti Hart Island postaje mjesto radnje brojnih horor filmova pa tako i jezivog "Otoka mrtvih", Tima Southama.