Dana 21. ožujka 1963. godine preko 300 zatvorenika i više od 40 stražara nestalo je iz zatvora Alcatraz bez traga. Kako bi zataškali njihov nestanak, vlada je izmislila priču o zatvaranju zatvora zbog nesigurnosti i službenog premještaja zatvorenika u druge zatvore diljem SAD-a. Međutim, savezni agent Emerson Hauser (Sam Neill), mladi policajac iz San Francisca koji je bio zadužen za premještaj zatvorenika 1963. godine jedan je od prvih koji otkriva da su svi zapravo nestali. U sadašnjem vremenu u San Franciscu nestali zatvorenici i stražari se misteriozno vraćaju, jedan po jedan. Ono što je najčudnije, nitko od njih nije ostario niti dana i svi oni nisu svjesni da je prošlo punih 50 godina od njihovog "nestanka". Još čudnije je to što je vlada očigledno znala za njihov povratak pa Hauser vodi tajnu specijalnu postrojbu kojoj je zadaća pronaći i vratiti zatvorenike; postrojba postoji već dugo godina, budući se nije točno znao trenutak u kojem će se zatvorenici početi vraćati. Kako bi mu pomogli pronaći zatvorenike i uhititi ih, Hauser dovodi u svoju jedinicu detektivku Rebeccu Madsen (Sarah Jones) i dr. Diega Sotoa (Jorge Garcia), stručnjaka za povijest Alcatraza i njegovih zatvorenika, ujedno i autora knjige o istome. Zatvorenici se vraćaju u sadašnje vrijeme bez ikakvog sjećanja o tome gdje su bili, ali s nagonom da pronađu određene predmete te nastave sa svojim kriminalnim aktivnostima.