U novostvorenoj južnoslavenskoj zajednici (Kraljevina SHS / Kraljevina Jugoslavija) Pilar je svojim nepoćudnim političkim uvjerenjima bio vlasti "persona non grata". Politički i policijski progonjen više ne djeluje javno, a 3. rujna 1933. dr. Ivo Pilar pronađen je mrtav u svojoj spavaćoj sobi. Iako je njegova prerana smrt do danas ostala zaogrnuta velom tajne, sa sigurnošću se može reći da je on bio još jedna u nizu hrvatskih žrtava koje su pale u versajskoj državnoj tvorevini nazvanoj Jugoslavija. Danas, u samostalnoj i slobodnoj Republici Hrvatskoj, Institut društvenih znanosti u Zagrebu s ponosom nosi ime dr. Ive Pilara, donedavno prešućivanog intelektualca čija nam je misaona baština i danas pouzdani svjetionik u našim uzburkanim vremenima.