Ash, Pikachu i ostali pokemoni pokušavaju zaustaviti bandu lopova koji se kriju u kanalima i prolazima Altomarea, vodene prijestolnice svijeta. U tome im pomaže dva nova, legendarna pokemona, brat i sestra, Latias i Latios. Hoće li Ash i njegovi novi prijatelji uspjeti zaustaviti lopove prije nego se oni dočepaju neprocjenjivog blaga?