Ultimativna kombinacija za rješavanje zločina ponovno se ujedinjuje kada se Batman pridruži bandi Mystery Inc. kako bi uhvatio gomilu zlikovaca koji izazivaju pustoš u ovom potpuno novom animiranom filmu. Super istražitelji Scooby-Doo, Shaggy, Fred, Daphne i Velma udružuju snage s najvećim detektivom Gotham Cityja, Batmanom, kada otkriju da su zlikovci iz obje njihove galerije lopova također udružili napore da teroriziraju grad. Uz Scoobyjeve grickalice, timovi za borbu protiv kriminala susreću se s klasičnim Batmanovim neprijateljima (Joker, Catwoman, Riddler, Penguin, Strašilo, Poison Ivy, Harley Quinn) i saveznicima (The Question, Aquaman, Plastic Man, Martian Manhunter) zajedno s grupom iz Scooby-Doo franšize (Spooky Space Kook, Gentleman Ghost, Miner 49er, Ghost Clown). Kao i uvijek, nećete znati tko je ultimativni negativac dok ta "djeca koja se miješaju" ne skinu masku!