Craig Schwartz je talentirani ali nezaposleni lutkar koji živi sa suprugom Lotte i gomilom njenih kućnih ljubimaca, uključujući i čimpanzu. Lotte, koja radi kao prodavačica u prodavnici sa životinjama, još kako-tako bi sklapala kraj s krajem, ali ne i sa gomilom svojih četvoronožnih i pernatih prijatelja. Stoga je Craig prisiljen traziti posao. Pronalazi ga u jednoj njujorškoj firmi, smještenoj na polukatu gdje su stropovi tako niski da se svi zaposlenici moraju saginjati prilikom hodanja. Ništa normalniji nije ni vlasnik firme, ostarjeli dr. Lester koji sirotom Schwartzu puni uši svojim bizarnim seksualnim fantazijama vezanim uz disleksičnu sekretaricu Floris. Craigu, tihu patnju predstavlja seksepilna kolegica Maxine, koja ni u snu ne može sebe zamisliti s tako patetičnim gubitnikom. No, Craigu se život odjednom mijenja kada stjecajem okolnosti u zgradi pronađe skriveni tunel koji ga vodi nigdje drugdje nego u um druge osobe. Ta osoba je niko drugi nego poznati glumac John Malkovich, te Craig ima prilike čuti sve što Malkovich čuje, vidjeti sve što Malkovich vidi i osjećati sve sto Malkovich osjeća.