Nakon suočavanja sa Shredderom koji se udružio s ludim znanstvenikom Baxterom Stockmanom i pomoćnicima Bebopom i Rocksteadyjem da zavlada svijetom, nindža kornjače moraju se suočiti s još većim zlom: zloglasnim Krangom. Michelangelo, Donatello, Leonardo, Raphael vratili su se u borbu protiv još većih i opakijih zločinaca uz April O'Neil, Verna Fenwicka i pridošlice: osvetnika Caseyja Jonesa koji se maskira u hokejaša. Nakon što superzločinac Shredder pobjegne iz pritvora, udružuje snage s ludim znanstvenikom Baxterom Stockmanom i dvojicom tupavih pomoćnika, Bebopom i Rocksteadyjem kako bi pokrenuo đavolski plan da zavlada svijetom. Dok se kornjače pripremaju sukobiti sa Shredderom i njegovom novom ekipom, nađu se suočeni s još većom prijetnjom sličnih namjera: zloglasnim Krangom.