Nastavak velikoga dječjeg hita iz 1992. godine, "3 ninje uzvraćaju udarac" slijedi istu filmsku školu neprestane zabave, spoja mistike i akcije te pouke o važnosti dobra, prijateljstva i obitelji. Redatelj Charles T. Kanganis zna da je film namijenjen prvenstveno najmlađim gledateljima pa se ne gubi u nepotrebnim pokušajima suptilnosti.
Njihova pomoć ponovno je potrebna. No što će ninje izabrati? Hoće li pomoći svom bejzbol timu ili djedu?Rocky (Sean Fox), Colt (Max Elliott Slade) i Tum Tum (Evan Bonifant) ponovno su zajedno, i to u ozbiljnoj misiji.
Moraju, naime, pomoći svome bejzbolskom timu da konačno pobijedi svoje stare rivale. Međutim, njihova je pomoć potrebna i njihovu djedu Moriju (Victor Wong) koji odlazi u Japan odnijeti ceremonijalni bodež koji je osvojio prije 50 godina i koji namjerava predati novome osvajaču ninja-turnira.
Bodež je istovremeno i ključ za tajnu špilju zlata, zbog čega ga njegovi stari neprijatelji žele ukrasti. Hoće li ninje imati vremena za sve?