200 godina nakon svoje smrti Ellen Ripley (S. Weaver) ponovno oživljava zahvaljujući timu stručnjaka koji uz pomoć uzorka krvi kloniraju novu Ripley. Njihova je namjera izvući aliensku maticu iz nje, što im i uspije. No, nakon toga Ripley više nije ista osoba. Njezina se DNK izmiješala s matičinom te je i sama razvila pojedine alienske karakteristike. S vremenom ojačali alieni pronalaze put iz svojih zatočeništava te poznata borba ponovno počinje. Ovaj put Ripley je rastrgana između dvojnih osjećaja, jer je sad i sama djelomičan pripadnik alienske vrste...
Kako bi se domogli kraljice aliena znanstvenici kreiraju klon Ellen Ripley, osobe u kojoj se nalazio embrio. Nakon što uspješno izvuku kraljicu znanstvenici odluče zadržati Ripley za daljnje proučavanje a kraljicu koriste kako bi proizvodila jaja. Zbog mješanja alienske i ljudske DNA Ripley je razvila nadljuske sposobnosti. Betty, brod pun plaćenika, donosi materijal za eksperimente, ljude.
Plaćenici susreću Ripley i njihov najmlađi član, Call, je pokušava ubiti jer se boji da će Ripley stvoriti novo leglo aliena. No Call je zakasnila jer su alieni već stvoreni te ubrzo pobjegnu iz zatočeništva, pobiju većinu posade i oštete brod. Jedan od znanstvenika, Dr. Wren, otkriva da u slučaju oštećenja, brod biva automatski usmjeren prema Zemlji. Shvaćajući šta bi alieni napravili kad bi se domogli cijelog planeta punog ljudi, plaćenici i Ripley će pokušati pobjeći na Betty i uništiti brod smrti koji nezaustavljivo juri prema Zemlji.
Po mišljenju mnogih kritičara ovaj je film najslabiji dio serijala, koji ipak zaslužuje pažnju kao (zasad) završni dio cjeline, te zbog snažnog osjećaja za vizualno.