Admiral Kirk (William Shatner) bježi od dosade uredskog posla da bi se pridružio g. Spocku (Leonard Nimoy) i dr. Leonardu "Kosti" McCoyu (DeForest Kelley) u još jednoj svemirskoj misiji. Dok hrabro idu onamo gdje nijedan čovjek nije bio, Kirk nailazi na starog neprijatelja Khana (Ricardo Montalban), koji je - kako će vam reći svaki pravi Trekker - bio glavni antagonist u televizijskom nastavku iz 1966. "Space Seed". Predvodeći posadu poludivljih svemirskih zatvorenika, Khan se ubacuje u Projekt "Genesis", koji je osmišljen da vrati žive organizme na planete koji su već odavno umrli. Namjeravajući upregnuti taj program za vlastite despotske ciljeve, Khan kreće u borbu s posadom "Enterprisea".