Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith (H. Weaving), udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja. A među borcima na Zionu svojom se hrabrošću uz krutog zapovjednika Locka (H. Lennix) izdvajaju požrtvovni obiteljski čovjek Link (H. Perrineau Jr.) i odlučna kapetanica Niobe (J. Pinkett Smith). Zionom, posljednjim uporištem ljudskog otpora strojevima smještenom duboko pod površinom Zemlje, vlada vijeće kancelara među kojima u Nea najviše vjeruje iskusni Hamann (A. Zerbe). Prilikom još jednog razgovora s Oracle, tijekom kojeg posumnja da je i ona dio Matrice, Neo dozna da što prije mora pronaći Ključara (R. Duk Kim), čovjeka uz čiju pomoć bi mogao doprijeti do samog Arhitekta (H. Bakaitis), stvoritelja Matrice. No da bi pronašao Ključara, Neo se mora susresti s podlim Merovingianom (L. Wilson), šefom podzemlja i ljubavnikom lijepe Persephone (M. Bellucci)... U glavnoj ulozi nastupa slavni K. Reeves (Opasne veze, Moj privatni Idaho, Drakula, Blues kaubojki, Mali Buda, Brzina, Johnny Mnemonic, Đavolji odvjetnik, Ljubav nema pravila, Constantine), a njegovi su partneri L. Fishburne (Apokalipsa sada, Boja purpura, Othello, Mistična rijeka, Nemoguća misija 3, Fantastična četvorka: Dolazak Srebrnog letača), 1994. nominiran za Oscara (Tina: Što ljubav ima s tim), zatim C.-A. Moss (Crveni planet, Čokolada, Paranoja) i H. Weaving (O kao Osveta, Transformeri, trilogija Gospodar prstenova, serije Forenzičarka Halifax, Bangkok Hilton). U zapaženim sporednim ulogama su J. Pinkett Smith (Vrisak 2, Collateral), H. Perrineau Jr. (Dim, serija Oz) i M. Bellucci (Malena, Nepovratno), a filmsku fotografiju potpisuje Bill Pope (Darkman, Zero Effect, Spider-Man 2 i 3).